底本的次序是：郭璞序、南山经、西山经、北山经、东山经、中山经，然后海外南、海外西、海外北、海外东，海内南、海内西、海内北、海内东，大荒东、大荒南、大荒西、大荒北，最后海内经。 山经五篇以「南、西、北、东、中」为序，中在最后。海外与海内四篇都是「南、西、北、东」，以大荒四篇却是「东、南、西、北」。同一个四方，在不同部里起手不同，说明编排并非一律按一个方位图，而是各有来源。 空间层次也在递进：山经记内陆诸山，海外记海之外的国族，海内记海之内的国族与神域，大荒记更远的荒服，海内经最后收束，多记世系与发明。从「山」到「海」到「荒」再到「内」，是一个由近及远、又由远收回到「内」的环。这种编排让全书既像地理志，又像神话总集。五篇的次序是南、西、北、东、中，与后世五行方位（东、南、中、西、北）不同。这一次序不是随意的：南为阳位，起于南，末于中，中为枢纽，全书的方位观是「由外向内」，不是「由中向外」。 篇与列的层级还要分清：篇是单元的边界，列是篇内的段落群。山经五篇共二十六列，其中中山经十二列，几乎占了一半。列名一律作「X次N经」，次是次序，经是列，合起来是「某方第几列」。 海外、海内、大荒三组又各分南西北东，但不标列名，直接以篇为单位。它们的方位次序与山经一致（南西北东），说明全书的方位框架是统一的，差别只在山经多一层「次经」的分栏。若把海外、海内、大荒三组也按方位排，全书正好是五方加四方的两重嵌套，而不是一条线性序列。