底本以「郭璞序」开篇，序文很长，先辨「世之览山海经者，皆以其闳诞迂夸」，再引庄生、汲郡竹书、穆天子传、史记大宛传，为本书的可信性辩护，最后说「余有惧焉，故为之创传，疏其壅阂」。这是注家序，不是原书正文。 本库仍把它立为第 0 篇，理由有二。第一，它是底本的实际组成部分，删掉就无法解释正文中大量〈〉注文的来源；第二，序里保存了重要的接受史材料，比如穆王见西王母、东方朔识毕方、刘向辨盗械之尸，这些都不见于十八篇正文。 但序不计入「正文净字」的统计口径，也不参与山、水、物、国族的抽取。这样处理，既保留文本，又不让注家的话混进原书的计量。序末另有一行「郭璞序」署名，底本重复出现，已在切分时丢弃，避免被误认作第二篇。郭璞序在卷首，前半述《山海经》出于禹益之世、所记多怪异，后半自陈作注之例。序是注者的文字，不是经文，所以本库把它单列为第 0 篇，与十八篇分开计数；涉及篇号的地方一律不入 1–18。 序末有「建平元年四月丙戌」以下一行，记校治诸臣官衔，属校进表残留，非序文正文。本库把这行单独剔除，既不计入正文，也不计入注文，因为它是刊刻信息而非内容。 序中为本书辩护的口吻值得注意：把神怪之书记成圣贤遗事，是晋人注书的常见策略。这一层辩护影响了后世对全书的读法——读者往往先信「实有此事」，再去解释怪异；本库不取这一预设，只按文本分层记录。序的文字比正文骈整，用典密集，与经文的简质形成鲜明对照，开卷一望即可分辨两种笔调。