孔纬为中书侍郎平章事从僖宗自蜀还定京城迁门下侍郎监修国史。又兼吏部尚书领诸道盐铁转运使车驾还宫进位左仆射赐持危启运保大功臣食邑四千户食实封二百户赐铁券恕十死罪赐天兴县庄善和里宅各一区兼领京畿营田使昭宗乾宁二年五月三镇入京师杀宰相韦昭度李谿帝以大臣朋党外交方镇思用骨鲠正人遣中使趍华州召纬入朝以疾未任上路六月授太子宾客其日之夕改吏部尚书翌日拜司空兼门下侍郎同平章事太清宫使修奉太庙弘文馆大学士延资库使阶爵功臣各食邑并如故旬日之内ㄞ骑敦促相望于道扶疾至京师延英殿谢奏曰：臣前待罪宰相智术短浅有负弼谐陛下特贷刑书曲全腰领臣期于死报不望生叩玉阶复拜龙颜实臣荣幸然臣比撄衰疾伏枕累年形体虽存生意都尽平居勉强御事犹疏况此尫羸宁胜重委国祚方泰英彦盈庭岂以朽腐之人再尘机务臣力疾一拜殿庭乞陛下许臣自便因呜咽流涕纬久疾拜蹈艰难帝令中使止之改容轸念令阁门使送纬中书视事不旬日沙陁次河中同州王行约入京师谋乱天子出幸石门纬从驾至莎城疾渐危笃先还京城九月卒于光德里第赠太尉。