谢琰为卫将军徐州刺史时孙恩作乱诏琰与辅国将军刘牢之俱讨孙恩逃于海岛朝廷忧之以琰为会稽内史都督五郡军事琰既以资望镇越土议者谓无复东顾之虞及至郡无绥抚之能而不为武备将帅皆谏曰：强贼在海伺人形便宜振扬仁风开其自新之路琰曰：苻坚百万尚送死淮南况孙恩奔衄归海何能复出。若其复至正是天不养国贼令速就戮耳遂不从其言恩后果复寇浃口入余姚破上虞进及邢浦。